La trayectoria como director de orquesta de Jon Malaxetxebarria se desarrolla principalmente en Inglaterra y en España. En España ha dirigido orquestas como la Orquesta Radio Televisión Española, Orquesta Sinfónica de Bilbao, Orquesta Sinfónica de Euskadi, Orquesta de Extremadura, Orquesta Filarmónica de Málaga, Oviedo Filarmonía y la Orquesta Sinfónica de Navarra con el Orfeón Pamplonés entre otras. Desde el año 2016 Jon es director titular de la EIO (Orquesta del alumnado de Euskadi).
En Inglaterra ha dirigido, entre otras formaciones, la Manchester Camerata, Liverpool Mozart Orchestra, Crosby Symphony Orchestra, Sheffield Philharmonic Orchestra, Hallam Sinfonia, North Staffordshire Symphony Orchestra, y Derbyshire City & County Youth Orchestra. En 2013 realizó una gira por Japón con la Derbyshire County Youth Band. Actualmente Jon Malaxetxebarria es director titular de la Solihull Symphony Orchestra, a la que dirige desde el año 2013.
Tras completar sus estudios de trompa en Chicago con Dale Clevenger, en el año 2010 Jon se traslada a Manchester para realizar el Master de Dirección de Orquesta en el Royal Northern College of Music (RNCM). Al concluir el Master gana el premio Mortimer Furber y obtiene la plaza de profesor en la JuniorRNCM donde sigue ejerciendo. Como entusiasta defensor de la música de nuestro tiempo, Jon dirigió el estreno mundial del Concierto para Trombón de Simon Dobson, con Peter Moore como solista, retransmitido por la BBC Radio 2.
Entre sus proyectos más recientes se encuentran las asistencias de ópera en el Teatro Liceo de Barcelona y el Teatro Real de Madrid donde trabajó en las producciones de “Il Pirata” de Bellini y “Luisa Miller” de Verdi.